Französisch-Äquatorialafrika unter Generalgouverneur Pierre Boisson blieb zunächst lieber auf der Seite von Vichy-Frankreich. Im September 1940 schloss sich dann aber der schwarze Gouverneur vom Tschad, Félix Éboué, dem Freien Frankreich unter Charles de Gaulle an. Durch sein mutiges Beispiel bewegte er auch die benachbarte Kolonie von Ubangi-Shari, sich der Rebellion anzuschließen. Dank dieser Veränderung war es den Briten nun möglich, von Nigeria aus über freundliches Gebiet bis in den Sudan zu fliegen.
Im Oktober drangen die freifranzösischen Truppen in Französisch-Kongo ein; im Dezember brachten sie auch Kamerun auf ihre Seite (ohne den Einsatz von Philippe Leclerc de Hauteclocque, der anders als in UZL nicht aus der Gefangenschaft fliehen konnte, war es nicht so einfach) und hatten das Vichy-treue Gabun umzingelt. Nun konnte auch die 13. Halbbrigade der Fremdenlegion, die in Narvik gekämpft hatte und in England gelandet war, unter ihrem Oberst Pierre Kœnig zur Unterstützung herangeführt werden. Im Februar 1941 kapitulierte dann nach dreiwöchigen Kämpfen auch Gabun, so dass nun die gesamte Kolonie zum Freien Frankreich gehörte.
Seit dieser Zeit sammelt General Larminat hier die Kräfte für einen weiteren Vorstoß nach Westen. Diesem stand zunächst aber die Geheimdiplomatie im Weg: Mit britischer Zustimmung hatten Vichy und die Freifranzosen ihre Einflusszonen aufgeteilt.
In der zweiten Jahreshälfte 1942 war es soweit, als die Westalliierten die "Operation Freedom" in Marokko starteten. Parallel zu der Landungsoperation begann das Freie Frankreich, nach Westen vorzustoßen. Éboué drang mit seinen Truppen vom Tschad aus in den Niger ein, während Laminart vom britischen Nigeria aus Benin und Französisch-Togo besetzte. Sie stießen kaum auf Widerstand. Während im Norden die Alliierten und Achsenmächte den Bodenkampf aufnahmen, eroberten sie Haute-Volta und drangen in die Elfenbeinküste ein. Dann vereinigten sie ihre Kräfte und griffen Tombouctou (Timbuktu) an, die Hauptstadt von Mali, das ebenfalls fiel. Am Ende zog Charles de Gaulle dort im Triumphzug ein und erklärte es zur neuen Hauptstadt des Freien Frankreichs. Damit blieb Vichy-Frankreich zwischen dem Äquator und der Sahara nur noch ein Küstenstreifen, der auch in absehbarer Zeit fallen sollte. Das Gebiet des Freien Frankreichs hatte sich dagegen mehr als verdoppelt. So stand de Gaulle mit vergleichsweise wenig Aufwand plötzlich als großer Sieger da.
Die Kolonie unterteilt sich in:
- Tschad
- Ubangi-Shari
- Kamerun (eigentlich Mandatsgebiet des Völkerbundes)
- Gabun
- Französisch-Kongo