Die traditionell neutrale Schweiz ist durch den Ausbruch des Zweiten Weltkrieges sehr beunruhigt, insbesondere da die Nazis viel davon reden, den "germanischen" Teil der Schweiz zu annektieren. Zwar hat Adolf Nazi noch 1937 Edmund Schulthess versichert, die Neutralität der Schweizer auf jeden Fall zu respektieren, aber mittlerweile weiß man ja, was man von seinen Versprechen zu halten hat. Die Sorge steigerte sich noch, als die Nazis die ebenfalls neutralen Staaten der Niederlande, Belgiens, und Luxemburgs überfielen.
Darum hat die Regierung die Geistige Landesverteidigung ausgerufen, die Armee schon am zweiten Kriegstag 430.000 Mann mobilisiert (bei gerade einmal 4,2 Millionen Menschen), und das Militär unter General Henri Guinan und seinem Stabschef Samuel Gonard einen Plan ausgearbeitet, sich auf keinen Fall zu ergeben, sondern im festungsmäßig gut ausgebauten "Reduit" (das sowohl stärker ist als die Maginot-Linie als auch die Siegfriedlinie) dauerhaft Widerstand zu leisten. Der britische General Bernard Montgomery bezeichnete das Reduit allerdings als „undurchführbaren Unsinn“. Auch wenn er es nicht weiß, wurde bei einem Teil der Bunkerbauten mit minderwertigem Material gepfuscht.
Zu Kriegsbeginn befanden sich etwa 7.000 deutsche Emigranten in der Schweiz.
Die deutsche Luftwaffe kümmerte sich nicht viel darum, schweizerischen Luftraum zu verletzen, weswegen die Schweizer seit Beginn des Westfeldzuges bereits einige Flugzeuge abschießen mussten, worauf Deutschland Anfang Juni 1940 auf diplomatischem Weg protestierte. Im gleichen Monat scheiterte das "Unternehmen Adler", zur Sprengung von Flugzeugen in der Schweiz, wofür Canaris die Schuld bekam.
Während Juni 1940 traten etwa 40.000 alliierte Soldaten, hauptsächlich Franzosen und Polen, auf schweizerisches Territorium über, wo sie interniert wurden. Nach dem Fall von Frankreich und der Etablierung von Vichy-Frankreich im Juni ist die Schweiz auf allen Seiten von den Nazis und ihren Verbündeten/Kollaborateuren umringt, was ihre Situation eine sehr schwierige macht. Alleine schon, weil der gesamte Außenhandel von den Achsenmächten kontrolliert werden kann. Daher sah sich die Schweiz gezwungen, Transporte durch ihr Land (außer für Waffen und Truppen) zu erlauben.
Beunruhigend ist ferner, dass manche Obersten der Armee, wie Arthur Fonjallaz und Eugen Bircher, der den Schweizerischen Vaterländischen Verband führt, Sympathien für Nazi-Deutschland haben.
Seit dem deutsch-französischen Waffenstillstand von Compiègne am 17. Juni 1940 arbeiteten verschiedene Stellen der Wehrmacht an Plänen, in die Schweiz einzumarschieren und ihre Armee zu schlagen, bevor sie sich in das Reduit zurückziehen konnte. Diese erhielten im September den Decknamen "Unternehmen Tannenbaum". Sie sehen den Einsatz von etwa 20 Divisionen vor. Mit dem faschistischen Italien, das sich auch beteiligen soll, wurde bereits eine Trennungslinie ausgemacht. Auch wurden schwarze Listen mit Prominenten erstellt, die wie C. G. Jung verhaftet werden sollten. Zeitweise rechnete Franz Halder jeden Moment damit, dass es einen Kampf geben würde. Canaris (der auch glaubt, eine Eroberung würde mindestens sechs bis acht Monate dauern und nicht Wochen) kommentierte: "Jetzt will dieser Narr auch noch die Schweiz hereinziehen!"
Tatsächlich ist eine neutrale Schweiz für die Nazis aber unverzichtbar, da sie hier Beutegold gegen Schweizer Franken eintauschen, die sie benötigen, um auf dem Weltmarkt diverse Ressourcen einkaufen zu können.
Gegen Ende 1940 wurden die faschistischen Frontisten endlich verboten - und die Kommunisten etwa zur gleichen Zeit mit. Außerdem wurden die Beziehungen zur Sowjetunion abgebrochen.
Während dem ganzen Krieg trafen sich auf Schweizer Gebiet Spione diverser Geheimdienste bis hinauf zu Admiral Canaris.
Siehe auch: Liechtenstein